Христофор Колумб сделал свою первую высадку на берег именно на острове Сан Сальвадор, во время своего исторического путешествия в Новый Свет. Четыре отдельных памятника отмечают место, где он сошел на берег 12 октября 1492. Тем не менее, общепризнано, что он пристал к берегу на Лонг-Бей, где в честь этого события установлен большой каменный крест.
В настоящее время известно, что остров является пиком подводной горы, которая уходит на глубину 15000 футов на самое дно океана. Остров представляет собой смешение волнообразных холмов, великолепных пляжей, соленых лагун и опасных рифов и отмелей, которые окружают большую его часть.
Городок Кобёрн является столицей и главным населенным пунктом острова.
Названный Гуанахани местными индейцами, остров был переименован в Сан Сальвадор самим Колумбом в честь Святого Спасителя. Годы спустя остров был захвачен британским пиротам Капитаном Джоном (Джорджем) Уолтингсом и переименован им в остров Уолтингс, в честь самого себя. Впрочем, с 1925 года название Сан Сальвадор было восстановлено и острова с гордостью носит его и по сей день.
До 1986 года, когда Национальное географическое общество высказало предположение об острове Самана-Ки, бытовало мнение, что во время своей первой экспедиции в Новый свет, остров Сан-Сальвадор был первой землей, которую увидел и посетил Христофор Колумб 12 октября 1492 года. В документах Колумба сказано, что обитатели территории, на которую он высадился, называли остров — Гуанахани (Guanahani).
Англичане завладели архипелагом, который теперь называется Багамами, в начале XVII века. В течение некоторого времени Сан-Сальвадор служил базой пирата Джона Уотлинга (John Watling) (иногда его называли Джорджем Уотлингом), который и дал острову свое имя, под которым остров был официально известен вплоть до 1925 года. Тогда название «Сан-Сальвадор» было взято у другого острова, который теперь называют островом Кат, и присвоено острову Уотлинга из-за бытовавшего тогда мнения, что он более всего подходит под описание, данное Колумбом острову Гуанахани.